Comme l'ont dit d'autres auteurs ici, j'aurais tendance à attendre la réponse à mon premier envoi pour me permettre de soumettre un autre manuscrit. C'est l'occasion de rebondir sur la réponse (positive : chouette, vous éditez mon roman 1, et regardez, voici mon roman 2 au cas où il vous intéresse aussi ; négative : d'accord, je reviens vers vous avec un projet différent de roman 1, regardez, roman 2 est prêt etc.)
La relation auteur - éditeur est une relation commerciale et artistique collaborative donc dès que j'en ai l'occasion, je ferais le choix de respecter l'éditeur pour lui montrer que je suis une personne avec qui il a envie de travailler. Ce respect passe par le fait de lui laisser le temps de s'interroger sur mon manuscrit avant de lui en lancer un deuxième. Pour moi, c'est un bon signal envoyé aux éditeurs : je sais que vous avez un travail monstre, je ne vous mets pas la pression, je sélectionne pour vous le meilleur manuscrit que j'ai à l'instant T, et je patiente. Même dans le cas de fenêtres de soumission très restreintes dans le temps, j'appliquerais cette ligne de conduite.
Bon, cela étant dit, peut-être que certains éditeurs ne s'en offusquent pas. Mais n'oublions pas que nous sommes un peu dans le show-biz (le show-biz le moins pailleté, certes). L'ethos qu'on cherche à se donner pour avoir des contrats est du type : je suis très déterminé sans être casse-pied, passionné sans être désespéré, confiant sans être prétentieux.
Bref, dans ta situation, j'attendrais la réponse au premier manuscrit pour soumettre le deuxième.