L'histoire se déroule dans l'an 2098, alors que la technologie est à son plein essor. Les voitures volantes et autres machines ne sont plus fictives, elle existent et permettent à l'être humain d'avoir un quotidien meilleur, plus simple de vie et plus plaisant. Le monde est dirigé par cinq impératrices provenant des puissances économiques les plus vastes de la Terre. L'Amérique, le Japon, l'Allemagne, la Russie et la France. On les appelle les pays Géniteurs, puisqu'ils sont la raison de tout ce développement techniques.
Jean est le personnage principal de cette histoire. Il a vingt et un ans et est très proche de sa sœur Alice, deux ans plus jeune que lui. Le jour de son anniversaire, ses parents lui apprennent qu'elle a eu un accident de voiture. La jeune fille s'en est sortie, mais présente quelques séquelles psychologiques, et a besoin de temps avant de retourner à la maison. C'est ce que ses parents tentent de faire comprendre à Jean, qui sait pertinemment que sa sœur aurait aimé le voir en n'importe quelle circonstance. Le jeune homme commence à se poser des questions mais sans plus.
Une semaine plus tard, Alice revient à la maison. Physiquement, c'est toujours la même, mais elle boite. Mentalement en revanche, Jean remarque quelques habitudes étranges qu'elle n'avait pas avant son accident. Au début il se dit simplement qu'elle doit être encore traumatisée par cet événement et ne tient pas à l'encombrer avec des questions déplacées. Il préfère se montres subtile, étant certain de ses convictions. Alice n'est pas celle qu'elle prétend être, et ce n'est pas peu dire, puisqu'il se rend rapidement compte qu'elle est en réalité un cyborg l'imitant à la perfection. Le détail l'ayant trahi ne fut qu'une simple question posée sur l'existence de leur animal de compagnie étant enfants, un certain chat nommé Mystique, qui n'aurait en réalité jamais existé.
À partir de là, Jean va commencer ses recherches dans sa maison et tomber sur plusieurs dossiers alarmants lui indiquant que ce robot provient en réalité de laboratoires secrets possédés par le gouvernement américain, dont les cinq bâtiments sont répartis dans les pays les plus riches du monde. Grâce à ses talents d’informaticien il va parvenir à désactiver le cyborg et à se rendre sans difficulté au centre en question à l'abri des regards. Le centre français se trouve au pied de la tour Eiffel, abîmée par le temps. Il a une mission bien précise et compte bien l'accomplir : trouver sa sœur et percer le mystère de cet étrange centre.
En arrivant sur place, Jean va faire la rencontre de Sirius, un jeune adolescent qui prétend s'être échappé du centre après de longs mois de détention. Il met en garde Jean avant qu'il ne mette les pieds à l'intérieur, mais propose de l'aider à trouver ce qu'il cherche, à distance, grâce à la puce qu'ils ont dans le cerveau. Sirius va alors guider son nouvel acolyte à travers les couloirs de l'établissement, le conseiller sur les attitudes qu'il doit adopter. Jean va se faire passer quelques temps pour un adolescent prêt pour le programme de création de cyborg, afin de récolter le maximum d'informations possibles pour dénoncer l'entreprise. Jean veut également retrouver sa sœur, qu'il va découvrir morte dans un tube de prélèvement ADN pour la création de robots, et constater l'ampleur des dégâts. Jean devra faire un compte rendu tous les jours à Sirius pour lui dire ce qu'il voit dans le centre, et lui permettre de créer une facilité de passage pour qu'il puisse accéder au cœur de la machine et y glisser un « antidote » qui permettrait l'arrêt de la propagation de l'ADN pour la création de robots.
Lors de son infiltration dans le centre, Jean va assister à une conférence entre les cinq impératrices. L'une d'entre elles, Aneko Nahuito, va se rendre compte de sa présence dans la salle mais va garder le silence et le contacter plus tard dans la journée, désirant s'entretenir avec lui en face à face pour de plus amples explications. Elle ne supporte plus la tyrannie de Ava et compte bien faire couler l'entreprise également, et pense que Jean fera un parfait allié.
Une fois toutes les missions au centre effectuées, Jean envoie rapidement un rapport de tout ce qu'il a vécu au centre à Aneko, qui garde le secret de leur alliance. Sirius n'est pas au courant de tout ça, et Jean a l'impression de lui mentir. Après cet envoi, les deux adolescents doivent se rendre en Amérique, là où se trouve le cœur de tout le projet des robots militaires, afin de rencontrer Ava Williams, l'impératrice suprême, et de la dénoncer en face à face. Cependant, en arrivant sur le territoire américain, Sirius retourne sa veste et démontre son vrai visage. Il s'appelle en réalité Ben Williams et se trouve être le fils de Ava, lequel était envoyé en mission en France et dans les autres pays détenteurs d'un laboratoire pour injecter dans les tubes créateurs un liquide permettant le clonage des robots à une vitesse folle. Sirius lui avoue au passage que l'ADN de Jean a été prélevé et que, bientôt, des robots ayant son allure vont prendre sa place au sein de sa famille, sans que personne ne s'en rende compte. Jean n'aura pas le temps de rencontrer Ava puisqu'il sera directement enfermé dans la prison prévu à son effet. Les soldats engagés pour cette mission seront guidés par Ben, qui se fera une joie d'enfermer l'adolescent.
Plus tard, Jean sera sauvé par quelques cyborgs que Aneko aura pris soin de régler en mode défense. Comme la puce lui a été enlevé, il n'a pas pu contacter l'impératrice, mais l'envoi des fichiers généraux constituant un dossier complet sur les laboratoires a constitué un indice suffisamment important pour Aneko afin de le retrouver. Lorsque Jean est venu au Japon pour la rencontrer lors de leur fameux face à face, l'impératrice a placé une puce pour le retrouver plus facilement en cas de perte, et c'est comme ça qu'elle est parvenue à diriger les cyborg vers Jean.
Une fois que tous les secrets des laboratoires ont été percés, Jean se ressource au Japon, profitant des fleurs de cerisiers et autres couleurs vives pour oublier ce calvaire, et fait désormais partie intégrante du Palais de Jade, où seules les figures ayant permis au Japon de pérenniser y sont acceptés.